万方查重系统主要用于检测论文中的文本相似度和引用问题，而不会直接对论文中的代码进行标红。这些系统更专注于文本内容的相似度检测，包括对文字、句子、段落和引用的分析，用于检测抄袭、未引用的引文以及文本重复等问题。

即便万方查重系统未直接分析代码，但在某些特定领域，如计算机科学、工程等，论文可能包含代码片段或算法描述。这些代码段落通常被视为一种文本，并且可能受到相似性检测的影响。系统可能会将这些代码片段视为文本内容的一部分，并与其他文献中的文本相似性进行比对。然而，这种比对通常是表层的，系统不会深入分析代码的逻辑、结构或功能，而是专注于文本形式的相似性。

因此，如果你的论文中包含代码或算法描述，万方查重系统可能会检测到相似性，但它不会提供有关代码逻辑、技术实现细节或代码功能的分析。在这种情况下，重点仍然是确保在论文中正确引用和标注代码来源，以及遵循学术诚信的原则。如果需要针对代码本身的分析和评估，可能需要其他专门的工具或评审流程。

如果你的疑虑主要集中在代码的相似性检测上，你可能需要考虑使用专门用于代码相似性检测的工具或服务，如 Moss（Measure of Software Similarity）等。这些工具更专注于分析代码的结构和语法相似性。